Etwa zwei Jahre, nachdem er herausgefunden hat, dass er ein Attentäter ist, und nachdem er den Kontakt zur CIA abgebrochen hat, plagen Jason Bourne Erinnerungen an eine seiner letzten Missionen. Ein Attentat führt zu Maries Tod und er entscheidet sich, Rache zu nehmen, indem er Jagd auf die Verantwortlichen für ihren Tod und seine vergessene Vergangenheit macht. Bourne entdeckt, dass Ward Abbott (Brian Cox), einer der Männer, die die Operation Treadstone, das Programm, das Bourne zu einem Attentäter machte, überwachten, Millionen Dollar von der CIA gestohlen hat. Abbott wollte Bourne die Veruntreuung in die Schuhe schieben und glaubt, dass Bourne wie beabsichtigt getötet wurde. Bourne entlarvt Abbott vor Pamela Landy (Joan Allen), der CIA-Agentin, die beauftragt wurde, Bourne zu finden, und Abbott begeht Selbstmord. Während einer langen Verfolgungsjagd wird der russische Agent, der bezahlt wurde, um Bourne zu töten, und der für Maries Tod verantwortlich ist, getötet und Bourne verschwindet im Untergrund.
Quelle: Wikipedia.de