FBI-Agent Mahone bekommt von Bill Kim den Auftrag, Lincoln und Michael auf dem Weg ins Gefängnis zu erschießen. Doch es bietet sich keine Gelegenheit. Mahone darf während der Überführung zum Fox River Gefängnis nicht im Gefangenentransporter sitzen, er muss im Begleitfahrzeug mitfahren. Doch er scheint von Agent Kellerman unerwartet Schützenhilfe zu erhalten, da dieser auch Michael und Lincoln nach dem Leben trachtet und ihnen auf der Fahrt ins Gefängnis eine Falle stellt. Sucre und der mexikanische Pilot werden von der Grenzpolizei in der Luft attackiert. Ihre letzte Chance bleibt der Absprung mit dem Fallschirm mitten in der Wüste. Sucre hat Angst, aber ihm bleibt nichts anderes übrig. Er springt ab und landet unversehrt. Dieses Glück ist dem Piloten, dessen Fallschirm sich unglücklicherweise nicht ordnungsgemäß öffnet, leider nicht beschieden. Bellick wird wegen Mordes angeklagt. Ihm droht die Todesstrafe. Er und sein Anwalt gehen einen Deal mit der Staatsanwaltschaft ein. Bedingung ist, dass Bellick seine dann auf 25 Jahre reduzierte Strafe in Illinois absitzen darf, in der Hoffnung, in Fox River seine Beziehungen und seine ehemalige Autorität als Wärter ausnutzen zu können. Doch der neue Direktor lässt keinerlei Privilegien mehr zu. Bellick ist der Rache der Häftlinge ausgesetzt